Сделать галочку "Считать поддомены внутренними ресурсами"

Указанная функция не влияет на подсчет данные со стороны Яндекс.Метрики. Метрика считает все переходы на страницы сайта, где установлен счетчик. Фильтры же и сейчас позволяют включить поддомены в список страниц для сбора данных (пункт "Включая поддомены").